生物有機肥是有機固體廢物（包括有機垃圾、秸稈、畜禽糞便、餅粕、農副產品和食品加工產生的固體廢物）經微生物發酵、除臭和完全腐熟后加工而成的含有特定功能微生物的有機肥料。生物有機肥料除含較高的有機質外，還含有一些功能菌，該類肥料的養分含量不高，雖然功能菌具有改善肥料有效性或釋放土壤中難溶養分的能力，但其功能受土壤環境影響，穩定性不好。尤其是在利用畜禽糞便加工有機肥的時候，是采用有機肥生產線處理加工，還是利用現有場地經過簡單處理發酵出售，根據自己所處情況而定。
生物有機肥與精制有機肥之間存在明顯區別：
①是否含有益微生物。生物有機肥內含有多種有益微生物，由于有益菌群的生態占位效應，能減少植物病害發生；而精制有機肥經過高溫處理，大多數微生物被殺死，不能為土壤提供有益微生物。
②加工過程中養分損失量不同。精制有機肥通過高溫處理，養分受高溫損失較多；而生物有機肥發酵溫度相對較低，養分損失少。
③施用效果不同。精制有機肥沒有完全腐熟發酵，直接使用容易燒根燒苗；而生物有機肥是徹*腐熟發酵，不會燒根燒苗。
④氣味不同。精制有機肥除臭效果不理想，返潮可能發出惡臭味；而生物有機肥已將尿酸變成菌體蛋白，從根本上消除了臭味。
⑤生物有機肥經高溫腐熟，殺死了大部分病原菌和蟲卵，減少病蟲害發生；精制有機肥雖然也經過高溫處理殺死了大部分病原菌和蟲卵，但由于未經腐熟，在土壤中腐熟時會引來地下害蟲。
利用肥料機器加工的畜禽糞便有機肥顆粒
